Seluruh konsep Akatsuki telah digoda dalam seri utama sejak awal.
Namun, Pain menunjukkan ancaman nyata pertama terhadap karakter utama dengan memusnahkan seluruh desa.
Pertarungan khusus ini dimulai dengan Episode 152, di mana antagonis diperlihatkan sedang mempersiapkan serangan terhadap Desa Konohagakure.
Dengan semua orang di desa berkabung atas kematian Jiraiya, Pain tidak punya rencana untuk memberi istirahat kepada siapa pun.
Tak lama setelah memusnahkan desa, anggota Akatsuki itu berhadapan dengan Naruto dan mode sage barunya.
Namun, sia-sia, yang terakhir dengan mudah ditembaki oleh Pain tak lama kemudian.
Saat sang protagonis terus berjuang dari Episode 163 hingga 166, Hinata bergabung dalam pertarungan untuk membantunya.
Tapi dia dengan cepat ditangani, saat Pain mendorongnya tinggi-tinggi ke udara, membantingnya ke tanah, dan selanjutnya menusuknya hingga menimbulkan luka serius.
Ini memicu Chakra Ekor-Sembilan di Naruto, yang menyebabkan putaran kedua pertarungan.
Pain bertarung dari ujung ke ujung melawan bentuk Ekor-Sembilan yang belum sempurna di Episode 167 dan 168, saat pertarungan akhirnya diakhiri dengan Rasengan Naruto di salah satu klon Pain.