Namun siapa sangka bukannya menjadi reunian yang mengharukan. dia malah melihat Rin terbunuh di depan matanya sendiri yang dibunuh oleh sahabatnya sendiri yaitu Kakashi.
Pada saat itu filosofi hidupnya pun berubah dia akhirnya membunuh semua shinobi yang ada disana dia ingin membalas dendam kepada dunia yang begitu kejam dan dia kecewa akan dunia ini.
Akhirnya dia kembali ke madara dengan kemarahan yang masih tertanam di dalam dirinya, yang kemudian membuat dia bekerja di bawah Madara, dia mengikuti semua rencana Madara.
Madara menjanjikan kepada obito akan menciptakan kembali dunia dimana Rin akan kembali hidup dan dunia yang penuh kedamaian. akhirnya demi mencapai tujuan tersebut dia rela mengorbankan segalanya.
Obito tidak peduli dengan berapa banyak nyawa yang akan dikorbankan demi tujuannya, semua itu dia lakukan untuk menciptakan dunia yang damai.
Obito ingin menyelamatkan seluruh manusia karena dia merasa bahwa Dunia yang saat ini mereka tempati tidaklah Ideal dimana pertempuran dan pertikaian masih ada.
Dia ingin menciptakan dunia yang baru yang dimana kekerasan, pertempuran dan pertikaian tidak ada disana yang ada hanyalah kehidupan yang penuh cinta dan kasih sayang.
Jadi dia melakukan tujuannya itu bukan hanya karena Rin seorang, dia melakukan semua itu juga untuk menyelamatkan umat manusia.
Namun setelah bertemu dengan Naruto dia akhirnya sadar bahwa Naruto sama seperti dia waktu kecil dan membuat dia ragu akan semua keputusan yang telah ia lakukan selama ini.
Dia menjadi berpikir apakah cara dia berpikir selama ini salah dan meragukan semua yang telah dia lakukan dan membuat dia bingung apakah tujuan yang dia lakukan memang demi kebaikan Shinobi atau tidak.