Namun, paska mendirikan organisasi pemerintah dunia, keberadaan Nefertari Lili menghilang tak berjejak.
Nefertari Lili dikabarkan kembali ke Alabasta setelah dirinya menolak untuk tinggal di Marijoa seperti kesembilan belas keluarga kerajaan lainnya.
Tetapi tidak ada catatan sejarah mengenai kembalinya Nefertari Lili ke Alabasta.
Dimana tongkat kepemimpinan Alabasta dilanjutkan adik laki-lakinya setelah keberadaan Nefertari Lili tidak diketahui.
Im Sama, sosok yang hidup sejak 800 tahun lalu, menjadi satu-satunya orang yang mengetahui apa yang terjadi pada Nefertari Lili.
Terdapat beberapa teori dari penggemar mengenai apa yang terjadi pada Nefertari Lili paska menolak jadi Tenryuubito.
Baca Juga: Oda Akhirnya Ungkap Impian Tersembunyi Luffy pada One Piece 1085, Bukan Raja Bajak Laut Melainkan...
Ada yang mengatakan jika Nefertari Lili diasingkan oleh Im Sama kesuatu pulau yang saat ini dikenal sebagai Amazon Lily.
Namun, setelah terbitnya manga One Piece 1084, terdapat koreksi mengenai penulisan nama Nefertari Lili.