Jenderal Soegeng Soetarto disebut sudah dibina Pono, yang merupakan Biro Khusus dari PKI.
Polisi Soegeng Soetarto barangkali bisa dianggap mewakili pandangan kebanyakan pejabat pro Soekarno.
Dalam sidang Mahkamah Militer Luar Biasa (Mahmilub) pada 1973 Soegeng Soetarto mengakui memiliki rasa hormat yang sangat tinggi ke PKI.
Soebandrio pun dihadirkan menjadi saksi namun dalam persidangan Soebandrio malah menyudutkan Soegeng Soetarto.
Soebandrio yang adalah atasan langsung Soetarto mengatakan dalam kesaksiannya bahwa dirinya tidak kenal secara akrab.
Hubungannya dengan Soegeng Soetarto hanya diperintahkan Ir. Soekarno.
Akhirnya Mahkamah Militer Luar Biasa (Mahmilub) memutuskan Soegeng Soetarto bersalah karena memberikan kesempatan kepada pihak lain menggulingkan pemerintahan yang sah.
Hakim Agung pun akhirnya menjatuhkan hukuman mati kepada Jenderal Polisi Soegeng Soetarto.
Pada tahun 1980an, hukuman Soegeng Soetarto bersama Soebandrio dan juga Oemar Dani mantan staf Angkatan Udara, diubah menjadi hukuman seumur hidup.
Hingga pada tahun 1995 Presiden Soeharto memberikan kepada ketiga tahanan tersebut.***